En el 2000 llega una nueva fusión por absorción, con la Cooperativa El Progreso, quedando en Manzanares una única cooperativa: Jesús del Perdón.
En 2001 se incorporan cinco depósitos autovaciantes más, jaulones para botellas de crianza y reserva y depósitos isotermos.
En 2003 se habilita la sala de catas y se destina la variedad cencibel “cepa vieja” para vino Gran Reserva.
En 2004 se elaboran vinos blancos ecológicos con las variedades Macabeo y Chardonnay. Reestructuración en el departamento de exportación. Aumento en capacidad de bodega con 3.140.000 litros más. Celebración del 50 aniversario de la fundación de la bodega, con la asistencia de autoridades locales y provinciales (presidente de la Junta de Comunidades de Castilla – La Mancha), presidentes de cooperativas, clientes, socios, etc.
En 2005 se constituye la agrupación de productores para vino VCPRD. Nuevas inversiones para aumentar la competitividad en los mercados (depósitos, unidad enfriadora, barricas, jaulones, etiquetadota autoadhesiva). También se logra la certificación en normas de calidad ISO y BRC.
En 2006 tiene lugar la modificación y adaptación de estatutos a APAS, siendo la denominación Jesús del Perdón-Bodegas Yuntero, SCCLM. Se designa como nuevo presidente a D. Félix Cano Díaz.
En 2007 llegan nuevas inversiones a la antigua bodega, creándose una moderna nave de 67 depósitos de acero inoxidable. Se cuenta con un enólogo australiano para la elaboración de vinos destinados al Reino Unido.
En 2008 la ministra de Agricultura realiza una visita a la bodega.
En 2009 se alcanza un nivel de recepción de 41.000.000 kgs de uva, aumentándose depósitos isotermos, flotador de mostos y barricas de mayor capacidad.